Modele pcr

Suite à l`émergence de méthodologies génomiques fonctionnelles, le développement de méthodes à haut débit pour la validation des données dérivées de microarray devient indispensable. Néanmoins, la quantification à haut débit par PCR en temps réel est difficile à atteindre, principalement en raison des carences des méthodologies basées sur les seuils, qui exigent une estimation fiable des efficacités d`amplification [27]. En plus du défi technique de générer des courbes de dilution pour chaque séquence cible, ces méthodes supposent une efficacité d`amplification similaire entre les échantillons, et cette hypothèse a été déclarée invalide [13, 24, 25]. Ici, nous introduisons une nouvelle méthode pour l`analyse des résultats de PCR en temps réel appelé: méthode basée sur le modèle pour l`analyse de données PCR en temps réel (MoBPA). La nouvelle méthode a produit les quantifications les plus précises et les plus précises par rapport aux méthodes précédentes, que les échantillons aient été amplifiés avec des rendements d`amplification similaires ou différents. En outre, aucune courbe d`étalonnage n`est nécessaire pour les quantifications, puisque l`efficacité d`amplification est estimée directement à partir des données de PCR en temps réel. MoBPA fournit un grand nombre des capacités fondamentales requises pour la quantification à haut débit entièrement automatisée [18], y compris l`évaluation systématique de l`efficacité d`amplification dans les échantillons individuels et pas besoin de courbes standard générées par PCR. En outre, les données quantitatives peuvent être facilement dérivées d`unités de fluorescence arbitraire, en appliquant simplement un facteur d`étalonnage qui relie la fluorescence à la masse d`ADN [18]. En conclusion, MoBPA combine le modèle exponentiel bien accepté de la réaction de PCR avec une description sigmoïde de l`efficacité d`amplification pour obtenir une méthode puissante pour l`analyse de données de PCR en temps réel qui élargissent l`applicabilité de la PCR en temps réel pour pleinement applications à haut débit automatisées. Modèles pour l`efficacité d`amplification PCR. L`efficacité d`amplification efficace pour chaque cycle de PCR a été calculée comme TN + 1/T n – 1, où T n et TN + 1étaient le rendement du produit PCR aux cycles n et n + 1 respectivement.

Les points de données sont l`efficacité d`amplification efficace vs